filtres pour limiter les résultats de recherche dans PubMed Central aux publications sous une licence Creative Commons spécifique

Outil de vérification des références destinés à repérer plus rapidement les références inventées par un outil d'IA générative

This research proposal focuses on developing a living literature review on just sustainability transitions, addressing the challenges of information overload, knowledge synthesis and dissemination in academic research. We aim to assess the potential of Wikidata for creating an enriched, searchable academic knowledge graph on just sustainability transitions in order to facilitate navigation of existing academic knowledge and synthesis of research findings. [...]

Signalé par Noémi

Convertisseur de fichiers en ligne, basé sur Pandoc, ne nécessitant aucune installation et ne faisant pas fuiter des données, car la conversion se fait en local. :-)

découvert grâce à Arthur Perret

Chapitre sur la stratégie de recherche du JBI Manual for Evidence Synthesis, présentant la méthodologie JBI

Outil bien utile pour identifier les articles Wikipédia manquants de références/sources, en particulier pendant la campagne 1Lib1Ref/1Bib1Ref

Pour en savoir plus sur Citation Hunt : https://fr.wikipedia.org/wiki/Wikip%C3%A9dia:1Lib1Ref/Participer#%C3%80_propos_de_Citation_Hunt

Askip, le rappeur qui dévoile des théories conspirationnistes, car il ne vérifie pas les sources

Web of Science Core Collection intègre depuis quelques mois des informations contextuelles comme le fait Scite depuis plusieurs années, en indiquant si les publications citant les résultats que vous avez sous les yeux vont dans le mêmes sens (Support), avancent au contraire des résultats qui les contredisent (Differ) ou les mentionnent (Discuss).

Même si ce n'est pas nouveau (Scite propose cela depuis 2018), l'arrivée de cette fonctionnalité sur Web of Science est bienvenue, car un peu plus de nuance dans la valeur (ou l'interprétation) d'une citation est toujours bonne à prendre, même si elle est limitée.

Générateur de tableau Markdown à partir d'un fichier CSV

Intégration de Zotero dans Quarto

petit script Python très efficace pour convertir un fichier CSV en fichier RIS

icônes liées au monde académique publiées sous licence libre basées sur Academicons

icônes liées au monde académique publiées sous licence libre (SIL OFL 1.1 pour la police de caractère, MIT License pour les composantes web - et CC BY 3.0 pour la documentation)

Outil Python qui parse, complète et formate des références lorsqu'on lui fournit des identifiants (DOI, PMID, arXiv ID, ISBN ou titre d'article)

Output BibTeX, APA ou MLA

Rien que Zotero ne puisse faire (même mieux), mais l'outil est tout de même intéressant à tester.

découvert grâce à Pablo: https://www.zotero.org/pablog/items/R7NM55A2

template Quarto pour des publications scientifiques

Interface pour rechercher des publications à l'aide de leur DOI sans passer par l'API

Mirror a Zotero library into a SQL database.

Détails du contenu des formats d'export du logiciel Publish or Perish

APA PsycInfo Essentials - Searching in Depth

Tutoriels pour la recherche dans PsycInfo

signalé par Anne

À tester

liste des types de document inclus dans OpenAlex

Description des champs inclus dans l'export NBIB depuis PubMed

outil de monitoring des modifications apportées dans PubMed, développé et maintenu par la ZB MED (Allemagne)

AMSTAR stands for A MeaSurement Tool to Assess systematic Reviews. There has been a proliferation of systematic reviews as one of the key tools for evidence-based health care. This has presented both opportunities and risks. [...] The risks include variation in quality and empirical validation.

Changement de modération pour les articles en informatique sur arXiv (que l'informatique, pas les autres catégories) : la soumission du preprint ne peut désormais se faire qu'une fois l'article accepté dans une revue. Le monde à l'envers !

Before being considered for submission to arXiv’s CS category, review articles and position papers must now be accepted at a journal or a conference and complete successful peer review.

Chacun·e en tirera ses conclusions sur les pratiques de publication des informaticien·ne·s...

trouvé grâce à Jérôme

Exemple de collection de références pour une revue systématique

This dataset contains a collection of papers retrieved by using a PRISMA systematic review of Open Data and Public Domain data in Agriculture. This collection of papers uses, creates, or discusses about Open Data and Public Domain.
The dataset uses the Zotero RDF format and is classified according the source and the topic of the paper

Exemple de fichier RDF rendant (partiellement) compte des traitements successifs des références au cours d'une scoping review

Outil développé par Michael Gusenbauer permettant de comparer les bases de données pour cibler les bonnes ressources (ou simplement avoir une meilleure vision d'ensemble de ce que nous avons à disposition)

A free tool to give you the confidence to search the best databases available, so you find all you need, faster.

découvert grâce à Frédérique

Padlet contenant les slides, les exercices et de la documentation en lien avec le workshop "Can we use OpenAlex for systematic searches?" donné par Claire Stansfield à EAHIL 2025

Modèles de document pour Quarto destinés à rédiger un manuscrit pour des journaux scientifiques notamment...

American Geophysical Union: https://quarto-journals.github.io/agu/
BiophysicalJournal: https://quarto-journals.github.io/biophysical-journal/
Journal of Statistical Software: https://quarto-journals.github.io/jss/
PLoS: https://quarto-journals.github.io/plos/

EDIT 4.01.2026
Modèle générique :

aog-article-quarto by AaronGullickson : https://github.com/AaronGullickson/aog-article-quarto

Le fichier Javascript où le dédoublonnage est géré dans Zotero

une plateforme pour consulter des comptes Instagram sans être obligé·e de créer un compte et sans devoir se connecter

découvert grâce à Korben

Pour interroger tout le graphe (non divisé), il est possible d'utiliser QLever avec une syntaxe légèrement différente. Il s'agit d'une institution tierce qui fait une copie du graphe de manière régulière (tous les mois environ).
Exemple : Helen De Cruz (cf. ci-dessous)

PREFIX wikibase: <http://wikiba.se/ontology#>
PREFIX wd: <http://www.wikidata.org/entity/>
PREFIX wdt: <http://www.wikidata.org/prop/direct/>
PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>

SELECT DISTINCT ?work ?label WHERE {
  { ?work (wdt:P50 | wdt:P98) wd:Q47189712 .
 } UNION { ?work wdt:P2093 "Helen De Cruz" .
 }
  OPTIONAL { ?work rdfs:label ?label FILTER(LANG(?label) = "en") }
}

Types de documents gérés par CrossRef

À comparer notamment aux formats pris en charge par les logiciels de gestion bibliographiques et les formats d'export

outil de visualisation permettant de voir les intersections de plusieurs ensembles, pour dépasser les possibilités offertes par le diagramme de Venn

décrit dans LEX, Alexander, GEHLENBORG, Nils, STROBELT, Hendrik, VUILLEMOT, Romain et PFISTER, Hanspeter, 2014. UpSet: Visualization of Intersecting Sets. IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics [en ligne]. décembre 2014. Vol. 20, n° 12, pp. 1983‑1992. [Consulté le 25 août 2025]. DOI 10.1109/TVCG.2014.2346248. Disponible à l’adresse : https://ieeexplore.ieee.org/document/6876017

Script à ajouter dans l'extension Actions & Tags de Zotero permettant de supprimer les marqueurs tout en conservant certains d'entre eux

Astuce : en commentant les 2 lignes qui affichent une fenêtre pendant la suppression, cela évite de devoir cliquer des centaines, voire des milliers de fois sur OK.

// Delete tags, based on Replace tags
// This script removes all tags from the specified Zotero items, except those in the ignore list.
// add tags you wish to keep to `ignoreTags` list, the list is prefilled with two examples

(async () => {

const ignoreTags = ['#GoldSet', '#ClinicalTrials.gov', '#Cochrane Central', '#Embase', '#Medline', '#Proquest', '#Web of Science', '#WHO ICTRP'];

// ^^^^^ Add tag names here to ignore. ^^^^^^^

// Initialize `targetItems` to the array of `items`, or if `items` is undefined,
// use the single `item` wrapped in an array. If neither exists, default to an empty array.
let targetItems = items || (item ? [item] : []);

// Show an alert message
// await Zotero.alert(null, "Delete all tags except ignored ones");

// Iterate over each item in the `targetItems` array.
for (const currentItem of targetItems) {

// Retrieve all tags associated with the current item.
// Use `.getTags()` to get tag objects, and map to their `tag` property to get tag names.
const tags = currentItem.getTags().map(tag => tag.tag);

// Iterate over each tag in the list of tag names.
for (const tag of tags) {

// Check if the tag is in the ignore list.
if (ignoreTags.includes(tag)) {

// Alert the user that the tag is being skipped.
// await Zotero.alert(null, `Tag "${tag}" is in the ignore list and will not be deleted.`);
continue;
}

// Remove the tag from the current item using `.removeTag()`.
await currentItem.removeTag(tag);
}
}

// The script finishes here.
})(); 

Solution simple et efficace pour régler le problème de synchronisation des références dans Zotero lorsque le prénom d'un auteur est trop long (plus de 256 caractères) parce que les données importées ne sont pas propres.

Adapté pour le prénom à partir du script proposé dans le forum :

var items = ZoteroPane.getSelectedItems();
for (let item of items) {
    if (!item.isRegularItem()) continue;
    let modified = false;
    for (let i = 0; i < item.getCreators().length; i++) {
        if (item.getCreators()[i].firstName.length > 255) {
            item.removeCreator(i);
            i--;
            modified = true;
        }
    }
    if (modified) {
        await item.saveTx();
    }
}

plan interactif pour localiser les livres (et autres) de la BCU de la Riponne
On peut chercher par titre de livre, par cote, par ID MMS etc.

découvert grâce à Véronique

L'URFIST méditerranée a mis en place une résidence Wikimédia afin de faire rayonner la science en formant à Wikimédia.
[...]
Voici en quelques vignettes, le résumé de la résidence de Pierre-Yves Beaudouin (@pyb@mamot.fr) qui s'est déroulée du 13 mai 2024 au 12 mai 2025.

Formation de la Medical Library Association sur l'utilisation d'EndNote dans les revues systématqiues, donné par Wichor Bramer

The Grey Matters resource is a free online tool for finding health-related grey literature that is not published commercially and may be inaccessible via bibliographic databases.

amusant et, en un sens, assez fascinant

outil de dédoublonnage de références provenant de diverses bases de données

Removing duplicate references obtained from different databases is an essential step when conducting and updating systematic literature reviews. ASySD (pronounced "assist") is a tool to automatically identify and remove duplicate records.

À tester !

découvert grâce à Myriam (UNIGE)

Intéressant ! liste des IAG dont l'utilisation est interdite à l'Université de Montréal et la raison de l'interdiction

Sans PubMed, il est possible de savoir si une référence a été indexée par un humain ou une machine.

Pour cela, il faut consulter le XML de la référence à l’aide des APIs pour trouver l’attribut « IndexingMethod ». Par exemple avec le PMID 40794811 : https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=pubmed&retmode=xml&id=40794811

L’absence de cet attribut ou une valeur « Manual » indique une indexation manuelle. Une valeur « Curated » indique une indexation initiale automatisée, qui a ensuite été contrôlée/vérifiée par un humain. Une valeur « Automated » indique une indexation automatique sans vérification par un humain.

(Informations fournies par Jérôme)

Test pour "vous [aider] à choisir une distribution Linux qui vous correspond" :-)

Simple et efficace !

Les principes généraux à connaître sur le lien entre l'alimentation et la santé mentale avec des références pour chaque rubrique

Outil de recherche d'articles citant ou étant cité par une publication

Utile pour la phase de citation chasing d'une revue systématique moyennant de passer par l'API pour réaliser plusieurs requêtes, car l'interface de recherche semble limitée à la recherche d'une seule publication à la fois

Les données (publiées sous licence CC0) peuvent également être téléchargées pour travailler en local : https://download.opencitations.net/

"OpenCitations is managed by the Research Centre for Open Scholarly Metadata, an independent research centre within the University of Bologna." -- https://opencitations.net

Outil de recherche d'articles citant ou étant cité par un set de publications

Utile pour la phase de citation chasing d'une revue systématique