AMSTAR stands for A MeaSurement Tool to Assess systematic Reviews. There has been a proliferation of systematic reviews as one of the key tools for evidence-based health care. This has presented both opportunities and risks. [...] The risks include variation in quality and empirical validation.

Changement de modération pour les articles en informatique sur arXiv (que l'informatique, pas les autres catégories) : la soumission du preprint ne peut désormais se faire qu'une fois l'article accepté dans une revue. Le monde à l'envers !

Before being considered for submission to arXiv’s CS category, review articles and position papers must now be accepted at a journal or a conference and complete successful peer review.

Chacun·e en tirera ses conclusions sur les pratiques de publication des informaticien·ne·s...

trouvé grâce à Jérôme

Exemple de collection de références pour une revue systématique

This dataset contains a collection of papers retrieved by using a PRISMA systematic review of Open Data and Public Domain data in Agriculture. This collection of papers uses, creates, or discusses about Open Data and Public Domain.
The dataset uses the Zotero RDF format and is classified according the source and the topic of the paper

Exemple de fichier RDF rendant (partiellement) compte des traitements successifs des références au cours d'une scoping review

Outil développé par Michael Gusenbauer permettant de comparer les bases de données pour cibler les bonnes ressources (ou simplement avoir une meilleure vision d'ensemble de ce que nous avons à disposition)

A free tool to give you the confidence to search the best databases available, so you find all you need, faster.

découvert grâce à Frédérique

Padlet contenant les slides, les exercices et de la documentation en lien avec le workshop "Can we use OpenAlex for systematic searches?" donné par Claire Stansfield à EAHIL 2025

Modèles de document pour Quarto destinés à rédiger un manuscrit pour des journaux scientifiques notamment...

American Geophysical Union: https://quarto-journals.github.io/agu/
BiophysicalJournal: https://quarto-journals.github.io/biophysical-journal/
Journal of Statistical Software: https://quarto-journals.github.io/jss/
PLoS: https://quarto-journals.github.io/plos/

Le fichier Javascript où le dédoublonnage est géré dans Zotero

une plateforme pour consulter des comptes Instagram sans être obligé·e de créer un compte et sans devoir se connecter

découvert grâce à Korben

Pour interroger tout le graphe (non divisé), il est possible d'utiliser QLever avec une syntaxe légèrement différente. Il s'agit d'une institution tierce qui fait une copie du graphe de manière régulière (tous les mois environ).
Exemple : Helen De Cruz (cf. ci-dessous)

PREFIX wikibase: <http://wikiba.se/ontology#>
PREFIX wd: <http://www.wikidata.org/entity/>
PREFIX wdt: <http://www.wikidata.org/prop/direct/>
PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>

SELECT DISTINCT ?work ?label WHERE {
  { ?work (wdt:P50 | wdt:P98) wd:Q47189712 .
 } UNION { ?work wdt:P2093 "Helen De Cruz" .
 }
  OPTIONAL { ?work rdfs:label ?label FILTER(LANG(?label) = "en") }
}

Types de documents gérés par CrossRef

À comparer notamment aux formats pris en charge par les logiciels de gestion bibliographiques et les formats d'export

outil de visualisation permettant de voir les intersections de plusieurs ensembles, pour dépasser les possibilités offertes par le diagramme de Venn

décrit dans LEX, Alexander, GEHLENBORG, Nils, STROBELT, Hendrik, VUILLEMOT, Romain et PFISTER, Hanspeter, 2014. UpSet: Visualization of Intersecting Sets. IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics [en ligne]. décembre 2014. Vol. 20, n° 12, pp. 1983‑1992. [Consulté le 25 août 2025]. DOI 10.1109/TVCG.2014.2346248. Disponible à l’adresse : https://ieeexplore.ieee.org/document/6876017

Script à ajouter dans l'extension Actions & Tags de Zotero permettant de supprimer les marqueurs tout en conservant certains d'entre eux

Astuce : en commentant les 2 lignes qui affichent une fenêtre pendant la suppression, cela évite de devoir cliquer des centaines, voire des milliers de fois sur OK.

// Delete tags, based on Replace tags
// This script removes all tags from the specified Zotero items, except those in the ignore list.
// add tags you wish to keep to `ignoreTags` list, the list is prefilled with two examples

(async () => {

const ignoreTags = ['#GoldSet', '#ClinicalTrials.gov', '#Cochrane Central', '#Embase', '#Medline', '#Proquest', '#Web of Science', '#WHO ICTRP'];

// ^^^^^ Add tag names here to ignore. ^^^^^^^

// Initialize `targetItems` to the array of `items`, or if `items` is undefined,
// use the single `item` wrapped in an array. If neither exists, default to an empty array.
let targetItems = items || (item ? [item] : []);

// Show an alert message
// await Zotero.alert(null, "Delete all tags except ignored ones");

// Iterate over each item in the `targetItems` array.
for (const currentItem of targetItems) {

// Retrieve all tags associated with the current item.
// Use `.getTags()` to get tag objects, and map to their `tag` property to get tag names.
const tags = currentItem.getTags().map(tag => tag.tag);

// Iterate over each tag in the list of tag names.
for (const tag of tags) {

// Check if the tag is in the ignore list.
if (ignoreTags.includes(tag)) {

// Alert the user that the tag is being skipped.
// await Zotero.alert(null, `Tag "${tag}" is in the ignore list and will not be deleted.`);
continue;
}

// Remove the tag from the current item using `.removeTag()`.
await currentItem.removeTag(tag);
}
}

// The script finishes here.
})(); 

Solution simple et efficace pour régler le problème de synchronisation des références dans Zotero lorsque le prénom d'un auteur est trop long (plus de 256 caractères) parce que les données importées ne sont pas propres.

Adapté pour le prénom à partir du script proposé dans le forum :

var items = ZoteroPane.getSelectedItems();
for (let item of items) {
    if (!item.isRegularItem()) continue;
    let modified = false;
    for (let i = 0; i < item.getCreators().length; i++) {
        if (item.getCreators()[i].firstName.length > 255) {
            item.removeCreator(i);
            i--;
            modified = true;
        }
    }
    if (modified) {
        await item.saveTx();
    }
}

plan interactif pour localiser les livres (et autres) de la BCU de la Riponne
On peut chercher par titre de livre, par cote, par ID MMS etc.

découvert grâce à Véronique

L'URFIST méditerranée a mis en place une résidence Wikimédia afin de faire rayonner la science en formant à Wikimédia.
[...]
Voici en quelques vignettes, le résumé de la résidence de Pierre-Yves Beaudouin (@pyb@mamot.fr) qui s'est déroulée du 13 mai 2024 au 12 mai 2025.

Formation de la Medical Library Association sur l'utilisation d'EndNote dans les revues systématqiues, donné par Wichor Bramer

The Grey Matters resource is a free online tool for finding health-related grey literature that is not published commercially and may be inaccessible via bibliographic databases.

amusant et, en un sens, assez fascinant

outil de dédoublonnage de références provenant de diverses bases de données

Removing duplicate references obtained from different databases is an essential step when conducting and updating systematic literature reviews. ASySD (pronounced "assist") is a tool to automatically identify and remove duplicate records.

À tester !

découvert grâce à Myriam (UNIGE)

Intéressant ! liste des IAG dont l'utilisation est interdite à l'Université de Montréal et la raison de l'interdiction

Sans PubMed, il est possible de savoir si une référence a été indexée par un humain ou une machine.

Pour cela, il faut consulter le XML de la référence à l’aide des APIs pour trouver l’attribut « IndexingMethod ». Par exemple avec le PMID 40794811 : https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=pubmed&retmode=xml&id=40794811

L’absence de cet attribut ou une valeur « Manual » indique une indexation manuelle. Une valeur « Curated » indique une indexation initiale automatisée, qui a ensuite été contrôlée/vérifiée par un humain. Une valeur « Automated » indique une indexation automatique sans vérification par un humain.

(Informations fournies par Jérôme)

Test pour "vous [aider] à choisir une distribution Linux qui vous correspond" :-)

Simple et efficace !

Les principes généraux à connaître sur le lien entre l'alimentation et la santé mentale avec des références pour chaque rubrique

Outil de recherche d'articles citant ou étant cité par une publication

Utile pour la phase de citation chasing d'une revue systématique moyennant de passer par l'API pour réaliser plusieurs requêtes, car l'interface de recherche semble limitée à la recherche d'une seule publication à la fois

Les données (publiées sous licence CC0) peuvent également être téléchargées pour travailler en local : https://download.opencitations.net/

"OpenCitations is managed by the Research Centre for Open Scholarly Metadata, an independent research centre within the University of Bologna." -- https://opencitations.net

Outil de recherche d'articles citant ou étant cité par un set de publications

Utile pour la phase de citation chasing d'une revue systématique

documentation de l'export CSV de ClinialTrials.gov

documentation de l'export RIS de ClinialTrials.gov

Citation.js (GitHub, NPM) converts formats like BibTeX, BibJSON, DOI, and Wikidata to CSL-JSON to convert to styles like APA, Vancouver and to BibTeX and RIS.

Pour en savoir plus, lisez l'article publié par PeerJ :

WILLIGHAGEN, Lars G., 2019. Citation.js: a format-independent, modular bibliography tool for the browser and command line. PeerJ Computer Science [en ligne]. 12 août 2019. Vol. 5, pp. e214. [Consulté le 3 août 2025]. DOI 10.7717/peerj-cs.214. Disponible à l’adresse : https://peerj.com/articles/cs-214

Scholia is a service that creates visual scholarly profiles for topics, people, organizations, species, chemicals, etc using bibliographic and other information in Wikidata.

Voilà.

trouvé grâce à Björn Brembs

PKP School is an online, open, self-paced collection of courses designed to help improve the quality of scholarly publishing around the world.

Encore une preuve qu'on ne résout pas un problème relationnel à l'aide d'une solution technique : le contrôle parental doit être fait par les parents, pas par une machine.

Lorsqu'on atteint ce stade, je crois que ça se passe de commentaire...

découvert grâce à Pascale

Plus simple que la lecture de la norme ISO :-D

Très intéressante initiative visant à démasquer les utilisations non déclarées des IA génératives dans la littérature scientifique

Attention ! Ce sont des cas suspects signalés, pas des cas de fraude avérés.

découverte grâce à Pablo

trouvé grâce à Pablo

Le 20 mars 2020 naissait Camille Noûs, incarnant la contribution de la communauté aux travaux de recherche, sous la forme d’une signature collective. Cette co-signature revendique le caractère collaboratif et ouvert de la création, de la probation et de la diffusion des savoirs, sous le contrôle de la communauté académique, et est appelée à devenir un label d’intégrité[1]. Camille Noûs est membre du laboratoire Cogitamus, multidisciplinaire, interdisciplinaire et transdisciplinaire par essence.

trouvé grâce à Pablo

Toutes sortes d'outils qui peuvent s'avérer utiles lorsqu'on travaille avec Wikidata

Clean messy data and turn it into a knowledge graph with Ontotext Refine.

Liste d'outils à explorer et tester

mapping entre les champs RIS et ceux de Zotero; même si le document date, il peut être utile à l'occasion

Cette nouvelle version de PNG prouve qu’on peut très bien moderniser un standard existant plutôt que de réinventer la roue tous les 5 ans avec un nouveau format que personne ne supporte correctement.

Si seulement cette pratique était plus courante, on aurait moins de normes/interfaces incompatibles entre elles.

This program scans through a Zotero library and checks each URL for Hypothesis annotations. If annotations are found it imports them into the Zotero library as note objects with their associated tags.

WTF !

Stefan Gloor a en effet réussi à obtenir un accès root complet sur le terminal Worldline Yomani XR, qui est vous savez, cette petite machine noire qu’on voit absolument partout en Suisse, des gros supermarchés Migros au petit garage du coin.

découvert grâce à Korben

Outil permettant de savoir s'il y a des sites web qui s'inspire du vôtre pour vous voler du trafic ou du moins s'il y a un risque que ce soit le cas.

découvert grâce à Korben

Bibliothèque Python permettant d'extrait facilement les sous-titres d'une vidéo Youtube

À tester

Powerful evidence synthesis tools for medical researchers. Accelerate, collaborate, automate and share.

Outil d'aide à plusieurs étapes d'une revue systématique, mais dont je n'ai pas encore pu tester l'utilité, l'efficacité et la transparence...

The Essentials of Conducting Systematic Reviews module series is currently under development and content will be added/linked as it becomes available.

Module 1: Introduction to Systematic Reviews
Module 2: Formulating Review Questions and Protocols
Module 3: Searching for Eligible Studies
Module 4: Selecting Studies
Module 5: Extracting Data
Module 6: Assessing Risk of Bias
Module 7: Interpreting and Disseminating Results
Module 8: Utilizing Software Tools for Reviews

Contenu publié sous licence CC BY-NC 4.0.

Guide de la bibliothèque de l'Université de Montréal donnant "des repères pour une utilisation responsable des outils d’intelligence artificielle générative (IAg) en contexte académique"

découvert grâce à Alexia

Libguide de la bibliothèque de la University of British Columbia sur la recherche de littérature grise

A list of discontinued Mozilla products and services.

inspiré par Killed by Google, qui est un cimetière 10 fois plus vaste (en date du 11 mai 2025)

Moins de résultats en utilisant la troncature ? Pourquoi ?

The truncation character in ProQuest is an asterisk ()--used to replace up to five characters. For example, a search for farm will retrieve documents with the terms farm, farms, farmer, or farming. You can include the truncation character within a word in your search term, frm, or at the end of a word, (farm).
Extrait de la section Search Tips de la plateforme ProQuest

Certif includes: certify, certifying, certifies, certified, certificate, certifiable, certifiably
Certif does not include: certificates, certificated, certification, certifications
(slide 11)

PubMed’s Automatic Term Mapping applies to all “untagged”fields. It counts specifying [all fields] as an “untagged” field.
[...]
Adding quotation marks and/or truncating a term preventsthis in all databases [...]
(slide 12)

Extrait de l'aide de PubMed à la slide 8

A way to share potential entries for the Retraction Watch list

Peut-être utile à l'occasion...

Voilà le script qu'il me fallait !

Sources des listes de termes utilisées par EndNote, notamment pour les abréviations des journaux

Référencement de logiciels libres développés dans la recherche académique [français]

À regarder (épisodes de 52 minutes produit par Arte)

découvert grâce à Pablo

processus de dépôt des PDF dans Covidence en vue de la phase de screening du texte intégral

processus d'appariement des PDF aux références dans Rayyan en vue de la phase de screening du texte intégral

Version portable de Zotero, utilisable depuis une clé USB p. ex.

recettes de l'Union suisse des paysannes et des femmes rurales

liste des journaux ajoutés et retirés du DOAJ mise à jour en continu

Très intéressant et très utile, même si elle est publiée sur Google Docs...

découverte grâce à Anne

Pourrait être utile en cas de problème avec un·e automobiliste/motard sur la route...

Reste à voir les conditions en matière de protection des données

Prometteur outil d'extraction de références d'un document textuel

À tester plus sérieusement lorsque j'ai du temps !

Collection de test, qui peut s'avérer très utile lors du développement ou de la modification d'un fichier CSL

Pour formater correctement un fichier CSL

Formatting changes include:
Standard indentation
Escaping of certain characters that are hard to identify by eye, like non-breaking spaces and the various dashes
Standard ordering the child elements of <info/>
Standard ordering of attributes on <style/> and <link/> elements

pour générer rapidement et facilement des images de raccourcis clavier

publié sous licence MIT sur Github

découvert grâce à Korben

challenge : comment générer l'image de crtl + alt + delete ? 😊
solution : sélectionner le mode "texte"

Liste des protocoles publiés sur F1000Research

hypnotisant

Page du projet Wikidata sur l'identification des articles rétractés

Un très beau service de cartographie est apparu récemment, il s’agit de cartes.app qui est une alternative sérieuse aux cartes des GAFAM, notamment Google et Apple. Il s’agit d’une carte souveraine et moderne.
-- OpenStreetMap

documentaire sur Bill Watterson, créateur génial de Calvin & Hobbes qu'il faut que je prenne le temps de regarder

morceaux de vidéos animés pour indiquer la licence à la fin de votre vidéo/tuto

We made these with graphic designer/illustrator Ryan Junell. Feel free to use them in your videos about Creative Commons, or to mark your videos with the CC license or public domain tool of your choice.

découvert grâce à Igor

Je ne sais pas d'où peut venir une telle idée, mais c'est fou d'arriver à la réaliser

Doom : https://doompdf.pages.dev/doom.pdf
Tetris : https://th0mas.nl/downloads/pdftris.pdf

Annonce de la séparation des publications scientifiques de tout le reste dans deux instances Blazegraph différentes, même si les données seront toujours toutes affichées dans wikidata

Pas de changement pour la consultation et la modification d’éléments, mais une adaptation à faire pour les requêtes SPARQL.

lien fourni par Pascal

Guide des courses à pied en Suisse, filtrable par canton, distance, dénivelé et date.

site de vente de matériel pour la découpe vinyle dont l'intérêt principal tient dans les informations fournies pour chaque produit, notamment les réglages de découpe pour les machines Cricut, Silhouette et ScanNCut et les conseils d'application

comparaison des modèles Paper Pro et 2 de reMarkable

trouvé via Galaxus

ces lunettes sont à la fois fascinantes et effrayantes

Pour trouver de nouvelles courses...

Helpsheet Series de l'Open University au sujet de l'enseignement à distance

Site web mis en ligne par Didier Müller, ingénieur informaticien EPFL, enseignant de maths dans le Jura (en Suisse) et auteur du très bon https://www.apprendre-en-ligne.net/crypto/csd2/index.html

contenu publié sous licence CC BY-NC-SA 4.0

TechRxiv (pronounced "tech archive") is an open, moderated preprint server for unpublished research in the areas of engineering, computer science, and related technology.

Les preprints rédigés sur Authorea finissent dans techRxiv une fois qu'ils sont prêts à être publié dans une revue.

documentation sur les expressions régulières dans Notepad++

Générateur de fausses couverture d'album :-)

Et y a le choix: Martine, Tchoupi, Natacha, les Schtroumpfs, le P'tit Spirou, Gaston Lagaffe et Tintin

Outil, mis à disposition par la bibliothèque de Yale, permettant de voir les termes MESH des articles d'intérêt sur un sujet (max. 20) en un seul coup d'œil pour voir comment on peut les trouver

Il suffit pour cela d'insérer une liste de PMID dans le champs de recherche.

Contient la liste des éditeurs et bases de données dont scite peut indexer le contenu pour alimenter sa plateforme

Comme l'info date de début 2023, peut-être n'est-elle plus à jour.

Pour récupérer la liste de tous les marqueurs d'une sélection de références de sa bibliothèque Zotero et le nombre d'occurrences de chacun :

1. sélectionner les références souhaitées
2. ouvrir menu Tools > Developer > Run Javascript
3. coller le code javascript ci-dessous dans le champ Code
4. cliquer sur le bouton Exécuter

var items = ZoteroPane.getSelectedItems();
var tagCounts = new Map();
for (let item of items) {
    let tags = item.getTags();
    for (let { tag } of tags) {
        if (!tagCounts.has(tag)) {
            tagCounts.set(tag, 1);
        }
        else {
            let num = tagCounts.get(tag);
            tagCounts.set(tag, num + 1);
        }
    }
}
var str = "";
for (let [tag, num] of [...tagCounts.entries()].sort()) {
    str += tag + "\t" + num + "\n";
}

👍 Ce code fonctionne aussi bien pour les bibliothèques de groupe que pour la bibliothèque Zotero personnelle.

Sélection d'ouvrages sur les revues systématiques

Scripts partagés par la communauté d'utilisateur·trice·s du module Actions & tags pour Zotero 7, parmi lesquels il y en a quelques-uns qui paraissent particulièrement intéressants :

☑️ Bulk Edit Multiple Items : https://github.com/windingwind/zotero-actions-tags/discussions/343
🔲 Enhanced Duplicate Detection : https://github.com/windingwind/zotero-actions-tags/discussions/382
🔲 Detects if the current item has duplicate items : https://github.com/windingwind/zotero-actions-tags/discussions/133
☑️ When DOI is empty, get DOI from URL : https://github.com/windingwind/zotero-actions-tags/discussions/358
❌ Customize color labels of reader : https://github.com/windingwind/zotero-actions-tags/discussions/211 (ne semble pas fonctionner)
☑️ Batch Tag Operations: https://github.com/windingwind/zotero-actions-tags/discussions/351
❌ Extract Abstract Keywords : https://github.com/windingwind/zotero-actions-tags/discussions/136 (ne semble pas fonctionner)
☑️ Convert Rayyan Include/Exclude and Labels to Zotero Tags : https://github.com/windingwind/zotero-actions-tags/discussions/354
❌ Update Arxiv Paper to latest version or published version : https://github.com/windingwind/zotero-actions-tags/discussions/363 (utiliser l'extension arXiv Workflow for Zotero)
🔲 Update Date Added : https://github.com/windingwind/zotero-actions-tags/discussions/344
❌ Collection Tags : https://github.com/windingwind/zotero-actions-tags/discussions/245 (glisser-déposer toutes les références d'une collection sur un marqueur est traité plus rapidement par Zotero)

EDIT 28.09.2025

☑️ Batch Export PDFs from Zotero : https://github.com/windingwind/zotero-actions-tags/discussions/379
🔲 Remove Tag in Clipboard from Selected Items : https://github.com/windingwind/zotero-actions-tags/discussions/515
☑️ Collapse all libraries : https://github.com/windingwind/zotero-actions-tags/discussions/406
☑️ Inverse Selection of Visible Top-Level Items : https://github.com/windingwind/zotero-actions-tags/discussions/508
❌ Copy Zotero link : https://github.com/windingwind/zotero-actions-tags/discussions/115
🔲 Copy Annotation(s) : https://github.com/windingwind/zotero-actions-tags/discussions/303
❌ Paper Rating System by a set of Scripts : https://github.com/windingwind/zotero-actions-tags/discussions/232
❌ Copy Web Library URI : https://github.com/windingwind/zotero-actions-tags/discussions/439 (fonctionne pour les bibliothèques de groupe, mais pas pour la bibliothèque personnelle)

EDIT 20.10.2025

❌ Add tag shortcut (working in Zotero 7): https://github.com/windingwind/zotero-actions-tags/discussions/390 (existe déjà dans Zotero)
☑️ Update 'accessDate' & 'dateModified' when modifying Annotation or Note: https://github.com/windingwind/zotero-actions-tags/discussions/521

À tester !

Outil permettant de convertir des fichiers Markdown en document PDF ou LaTeX

découvert grâce à Igor

Outil en ligne permettant de convertir des données et par exemple du CSV en tableau Markdown ce qui peut-être très pratique !

Mindmap des outils d'IA générative créé et mis à jour par Vincenzo Palatella (Bibliothèque de l'EPFL)

présenté lors la 1ère Journée romande des formateur·trices, le 27 juin 2024 à l'EPFL

VeriXiv (pronounced very-kive) is a verified preprint server, enabling the rapid availability of new research findings. Preprints are the version of a research paper shared prior to peer review and publication in a journal. Unlike many preprint servers, VeriXiv will conduct a series of rigorous pre-publication checks to support research integrity.

VeriXiv supports researchers in complying with the Gates Foundation’s refreshed Open Access policy that requires all their funded research to be made available as a preprint from January 2025.

Afforai is the AI-powered reference manager that helps researchers manage, annotate, cite papers and conduct literature reviews with AI reliably.

À tester !

Plateforme de recherche et d'exploration de publications scientifiques à travers une IA génératives

Le format des résultats est intéressant : une colonne avec la référence de l'article ayant été trouvé et une 2e colonne avec la réponse à la question posée, sur la base de l'article de la 1ère colonne.

À tester !

Outil de compression d'images en ligne rapide et efficace proposant les formats JPG, WEBP, PNG, JPG-XL et AVIF en sortie

Le site annonce que

• les images ne sont pas stockées 👍
• la compression est faite pratiquement sans perte de qualité 👍
• le service est gratuit 👍 (il y a un version pro offrant plus de fonctionnalités)

On ne sait toutefois pas qui est derrière cette plateforme. ⚠️

découvert grâce à Korben